La première partie de ce mot, Mares, est largement utilisée dans la vallée du Trient, notamment à Salvan et à Finhaut. Le nom des Marécottes désigne un terrain marécageux, spongieux, imbibé d'eau. En patois, il se dit: é Markòtè, li Marcottes. Le francique *marisk, «marais», qui a donné le latin tardif mariscum puis l'ancien français maresc, «marais, pré marécageux», avec le suffixe diminutif ?ot (fém. ?otte) issu du latin –ottum est à l'origine de ce toponyme.